أعلن أبو بكر البغدادي الدولة الإسلامية في العراق والشام (داعش) في حزيران (يونيو) من عام 2014، ونصب نفسه أميرًا عليها. ويتألف الهيكل التنظيمي لهذا التنظيم من أربعة عشرة ولاية وخمس وزارات "دواوين" وإدارة واحدة مسؤولة عن إدارة الولايات خارج سورية والعراق، ويقود التنظيم الخليفة، ويأتي تحته في سلم الهيكل التنظيمي لجنتان عليتان، الأولى لجنة الشورى بقيادة حجي جمعة عواد البدري شقيق زعيم التنظيم السابق أبو بكر البغدادي، وتتكون من خمسة أشخاص وهم أبو محمد المصري، وأبو هاشم الجزراوي، ونايف حمد شياع، وأبو عبد الله الغلامي، وأبو سعد اللبي، مهمتها رسم السياسات واختيار مديري الولايات، واللجنة الثانية هي اللجنة المفوضة، وهي أعلى هيئة تنفيذية في التنظيم، ويقودها سامي جاسم الجبوري، وكل عضو في هذه اللجنة مسؤول عن جانب تنفيذي مثل الأمن والشؤون الدينية والإعلام والتمويل وغيرها، وتضم اللجنة معتز عبد نايف الجبوري، وبشار خطاب الصميدعي، وزياد جوهر عبد الله، وأبو حمزة المهاجر، ونايف حمد شياع. وبعد فقدان التنظيم للأراضي التي كان يسيطر عليها في سورية والعراق، أعطى صلاحيات أكبر للمسؤولين المحليين عن هذه الأمور التنفيذية من دون العودة للمركز. تحت اللجنة المفوضة، تأتي طبقة قيادية أخرى أبرزها مديرها العام أبو حارث العراقي، وهو المسؤول عن الإدارة المالية وتجهيز الميزانيات، والمتحدث باسم التنظيم أبو حمزة المهاجر، والمسؤول عن أمن التنظيم حسن جمعه أبو وليد، والمسؤول العسكري عبد الله فتحي، وغيرهم مثل بشار سعيد موسى ونايف حمد شياع، واللجنة المفوضة تلك تشرف أيضًا على مديري الولايات مثل والي العراق جبار سلمان العيساوي الذي يشرف على المسؤولين المحليين في العراق وأبرزهم حسن علي حسين مسؤول كركوك، وعبد الله مصلح الرفاعي مسؤول ديالي، وسعد علي عيد مسؤول الجنوب، وجبار علي الغريباوي المسؤول العسكري بالجنوب، وأبو سليمان المراوي مسؤول الأنبار، وأحمد خطاب وهيب مسؤول نينوى. ويملك داعش الآن 3500 إلى 4000 مقاتل و8000 عنصر غير فاعلين، ويتوزع هؤلاء في العراق وسورية على مناطق تسمى مثلثات الموت، ويركز التنظيم الآن جهوده على عملية إعادة ترتيب الصفوف بانتظار حدوث فوضى جديدة في العراق وسورية، أو رحيل قوات التحالف بقيادة الولايات المتحدة الأميركية، ليحاول شن هجمات نوعية يمكن أن تعيد له سيطرة ولو جزئية على أراضي جديدة في البلدين.

هيئة تحرير الشام "جبهة النصرة":
اعتمدت جبهة النصرة في تشكيل قيادتها على مجموعة أفراد ينتمون إلى تنظيم القاعدة بينهم قادة سوريون، وانضم إليها في ما بعد آلاف المتطوعين من السوريين والعرب والدول الإسلامية ودول أوروبا الغربية مثل بريطانيا وفرنسا ومن دول في آسيا الوسطى لا سيما الشيشان، وفي بيانها الأول الذي أصدرته في 24 كانون الثاني (يناير) 2012، والذي تلاه زعيمها أبو محمد الجولاني، أعلنت جبهة النصرة رسميًا عن تأسيس كتائب أحرار الشام، ودعت السوريين للجهاد وحمل السلاح في وجه نظام الرئيس السوري بشار الأسد، وتبنت آنذاك عدداً من عمليات التفجير في مدينتي دمشق وحلب، صنفتها الحكومة الأميركية في كانون الأول 2012 جماعة إرهابية، وقد تركز عملها في محافظات دمشق وريفها، خاصة في القلمون والقنيطرة ودرعا وفي حلب، واستقرت في إدلب التي أصبحت معقلها الرئيسي منذ 23 تموز (يوليو) 2017. أعلن الجولاني فك الارتباط مع تنظيم القاعدة بتاريخ 28 تموز (يوليو) 2016 تلبية لرغبة أهل الشام في دفع ذرائع المجتمع الدولي حسب ادعائه، وتم تغيير الاسم إلى "جبهة فتح الشام"، وفي الثامن والعشرين من كانون الثاني (يناير) 2017، أعلن الجولاني عن تشكيل هيئة تحرير الشام بعد اندماج جبهة فتح الشام وجبهة أنصار الدين وجيش السنة ولواء الحق "إدلب" وحركة نور الدين الزنكي، التي سرعان ما قامت بالقضاء على عدد كبير من الفصائل التي تقاتل نظام الأسد منها جبهة ثوار سورية وجبهة حق المقاتلة وجبهة ثبات ولواء أبي العلمين واللواء السابع قوات خاصة وحركة حزم والفرقة 30 وجيش المجاهدين وحركة استقم كما أُمرت وكتائب ثوار الشام، وفي العام 2018، استطاعت "الهيئة" بسط سيطرتها على أغلب مناطق إدلب وباب الهوى وأجزاء من ريف حلب الغربي بعد اشتباكات مع جبهة تحرير سورية.

الهيكل التنظيمي للهيئة:
كما هي بقية التنظيمات الجهادية يتزعم الهيئة أمير وهو أبو محمد الجولاني الذي تضاربت الروايات حول هويته الحقيقية لكن أقرب هذه الروايات للواقع أنه أحمد حسين الشرع مواليد درعا (1984) عمل في العراق إبان الغزو الأميركي واشتهر بالجولاني بسبب قتاله في حي الجولان أحد أحياء الفلوجة وفي 2006 خرج بعدها إلى لبنان ليشرف على تدريب "جند الشام" التابع لتنظيم القاعدة، ومن ثم عاد إلى العراق ليعتقله الأميركان في سجن "بوكا"، وأُطلق سراحه عام 2008 تحت اسم "أوس الموصلي"، وعمل بعد خروجه مع الدولة الإسلامية في العراق وأصبح رئيساً لعملياتها ومن ثم انتدبه البغدادي إلى سورية عند اندلاع الثورة السورية، يلي الأمير إداريًا مجلس الشورى والذي يضم مجموعة من الأمراء يتقاسمون مهام المكاتب العسكرية والاقتصادية والأمنية والشرعية والعلاقات العامة، وفي كل منطقة تسيطر عليها الهيئة قائد عسكري (أمير) وفي إدلب المعقل الرئيسي للتنظيم يتزعم الهيكل الإداري والي عام كما عين والي خاص في قطاع البادية.

التشكيلات العسكرية للهيئة:
اتخذت الهيئة هيكلًا عسكريًا خاصًا بها تمثل في:

- المجموعات "المضافات": يقودها أمير عسكري وتضم من 20 إلى 40 مقاتلاً.

- السرايا: تتشكل من عدة مجموعات ويقودها أمير عسكري وعدد عناصرها يتراوح بين 100 إلى 250 مقاتلاً.

- القواطع: يطلق على كل منطقة من مناطق سيطرة الهيئة قاطع وكل قاطع أمير يشرف على العمل العسكري والدعوي والإغاثي والقضائي.

- مجلس شورى المجاهدين: ويتراوح عدد أعضائه ما بين "12 إلى 18" وأبرز أعضائه الجولاني وأبا ماريا القحطاني وأبا فرج الفرغلي.

- جيش النصرة: وهو القوة المركزية للهيئة ومهمته الأساسية ترسيخ الولاء لقيادة الهيئة.

- العصائب الحمراء: وهي قوات تعمل خلف خطوط العدو المفترض وتتمتع بتدريب ودعم واهتمام خاص وتنتشر في أغلب المناطق المحررة.

- التخطيط العسكري: ويتم من خلال غرف العمليات التي تنشأ في الخطوط الخلفية أثناء المعارك.

- الهيئة الشرعية: مؤسسة دينية تشرف على مراقبة سلوك القادة العسكريين وتوجيههم من خلال محاضرات شرعية ويترأس الهيئة مرجع ديني كبير يدعى "القاضي الشرعي الأول".

يتبع للهيكل التنظيمي لهيئة تحرير الشام:

- المجالس المحلية "الإدارة المدنية للخدمات": وأنشأتها بعد سيطرتها على باب الهوى ومعظم محافظة إدلب، وتقدم من خلالها عدد من الخدمات لسكان تلك المناطق كما تقوم بجباية الضرائب والإتاوات التي تفرض على تجار وسكان تلك المناطق.

- حكومة الإنقاذ: أُعلن عن تشكيلها بتاريخ "2 تشرين الثاني 2017" وهي الجناح السياسي والإداري والمدني للهيئة وتشكلت من إحدى عشرة حقيبة وزارية، وتشرف حكومة الإنقاذ على:

أ‌ - دور القضاء: وهي محاكم مدنية غايتها الفصل بين الناس في منازعاتهم ويترأس المحكمة قاض شرعي ويساعده عدد من المحامين وتوجد في كل منطقة محكمة شرعية.

ب - الشرطة الإسلامية: وهي قوة تنفيذية مهمتها حفظ النظام وتنظيم السير والإشراف على السجون العامة وغيرها من المهام.